한기총을 음해하거나 홍재철목사를 명예훼손한 인사들에 대해 형사고소를 제기했다. 한기총의 한 관계자에 따르면 최근 한기총을 명예훼손하고 업무를 방해한 혐의로 한교연 대표회장으로 당선된 한영훈목사를 서울 혜화경찰서에 고소했다. 한기총 질서확립위원장인 정학채목사와 총무협의회 회장인 정춘모목사 등도 한영훈목사를 별도 고소했다. 한영훈 목사는 최근 언론등에 인터뷰하면서 한기총을 음해하는 허위사실을 공표하고, 애총협과 공동주최하는 3.1절 행사를 탈취했다는 오해를 불러 일으켰었다.

한편, 홍재철목사는 홍목사를 모욕한 혐의로 합동 총신측 증경총회장인 이준원목사를 인천 남부경찰서에 고소했다.